สำหรับการรับประทานเห็ดหลินจือที่เป็นดอกแห้ง มักจะฝานให้เป็นแผ่นบางๆ เสียก่อนเพื่อให้สารออกฤทธิ์ละลายตัวได้ดี แต่อาจจะสับให้เป็นชิ้นเล็กๆ ขนาด 1×1 หรือจะบดเป็นผงเลยก็ได้ รูปแบบที่ใช้ก็อาจต้มแช่ในน้ำหรือดองเหล้า โดยการแพทย์แผนจีนแนะนำให้ใช้เห็ดแห้งในปริมาณวันละ 1.5-9 กรัม แพทย์ญี่ปุ่นให้ใช้วันละ 2-10 กรัม ใช้น้อยเมื่อต้องการเพียงบำรุงร่างกายใช้ขนาดปานกลางเมื่อยามเจ็บป่วย และใช้มากเมื่อป่วยหนัก การใช้เห็ดเพื่อบริโภคมีหลายวิธี สามารถเลือกได้ตามต้องการหรือตามความชอบของแต่ละคนได้แก่

1. การรับประทานเป็นอาหาร ใช้เห็ดแห้งหนัก 1.5-9 กรัม ตุ๋นกับหมู ไก่ ปลา เนื้อสัตว์หรือต้มกับผักที่ต้องการ แต่ไม่ต้องรับประทานเนื้อเห็ด

2. สำหรับผู้ที่ชอบดื่มเป็นยาดองเหล้า ใช้เห็ดแห้ง 20-30 กรัม ดองเหล้าขาว 100-150 ซี.ซี ทิ้งไว้ 15 วัน ดื่มครั้งละ 10 ซี.ซี วันละ 2-3 เวลา

3. การต้มเพื่อใช้บำรุงร่างกายที่นิยมใช้ทั่วไปในประเทศไทย ใช้เห็ดแห้ง 2-30 กรัม จะมากหรือน้อยตามต้องการ ใส่น้ำ 1-2 ลิตร ต้มให้เดือดแล้วหรี่ไฟ เคี่ยวต่อ 10-15 นาที แบ่งดื่มให้หมดใน 1-2 วัน

4. ตามตำรับการต้มยาจีน ใช้เห็ดแห้ง 20-30 กรัม เติมน้ำให้ท่วมเห็ดเล็กน้อย ทิ้งไว้ให้ตัวยาละลาย 20 นาที ต้มให้เดือดนาน 10 นาที จึงหรี่ไฟ เคี่ยวต่ออีก 20 นาที แบ่งดื่มวันละ 2-3 เวลาให้หมดใน 3-7 วัน

5. การใช้ระบบต้ม 2 ครั้ง มีการอธิบายไว้สำหรับเห็ดหลินจืออย่างดีที่เพาะปลูกจากมณฑลจี้หลิน ประเทศจีนและส่งออกไปยังต่างประเทศ โดยใช้เห็ดแห้ง 25 กรัม เติมน้ำ 600 ซี.ซี หรือ 3 ถ้วย ต้มจนเดือด แล้วหรี่ไฟเคี่ยวต่ออีก 10 นาที เทหรือกรองเฉพาะน้ำเห็ดออก ใส่ภาชนะใหม่ เติมน้ำเพิ่มอีก 400 ซี.ซี ต้มครั้งที่สองให้เดือดแล้วหรี่ไฟ เคี่ยวต่ออีก 10 นาที เหมือนต้มครั้งแรกแบ่งดื่มเวลาใดก็ได้ ให้หมดใน 3-7 วัน

6. ใช้เห็ดแห้งตามต้องการหรือกากเห็ดที่เหลือใช้ ใส่น้ำให้มาก ต้มดื่มเหมือนน้ำชา

การต้มเห็ดให้ได้สารออกฤทธิ์มากที่สุด จะต้องต้มจนถึงจุดเดือดเท่านั้น ถ้าต้มจนเดือดได้นานถึง 20 นาที แล้วจึงหรี่ไฟ เคี่ยวต่อด้วยไฟอ่อนก็จะเป็นการดี ถ้าต้มไม่เดือดหรือเพียงนำเห็ดแช่หรือชงในน้ำร้อนเหมือนชาชาก็จะได้สารละลายที่มีประโยชน์ไม่เพียงพอ

น้ำเห็ดที่ได้จากการต้มจะมีรสขม อาจเติมน้ำให้เจือจาง หรือผสมน้ำผึ้งน้ำตาลให้ออกรสหวาน น้ำเห็ดที่เหลือสามารถเก็บไว้ในตู้เย็นได้หลายวัน ไขที่ลอยเป็นฝ้าเป็นโปรตีนที่มีประโยชน์ ให้ดื่มปนไปกับน้ำเห็ดได้ อาจจะดื่มขณะเย็นหรืออุ่นใหม่ หรือใช้น้ำเห็ดผสมในน้ำแกง น้ำชาก็ได้ ไม่จำเป็นต้องทิ้งกากเห็ดที่เหลือ ให้ต้มซ้ำได้อีกจนน้ำใส จึงนำไปผสมอาหารสัตว์ หรือทำปุ๋ย

7) เห็ดหลินจือสกัดชนิดเม็ดและแค็ปซูล บรรจุหลายขนาด ทั้ง 150, 225, 240, 300, 350 และ 500 มิลลิกรัม (mg) กรรมวีในการสกัดมีหลายแบบ แต่ส่วนใหญ่สกัดด้วยน้ำ คุณภาพอาจแตกต่างกันตามความสามารถและเทคนิคของผู้ผลิต ก่อนจะใช้ต้องแน่ใจว่าเป็นเห็ดสกัด ไม่ใช่เป็นเห็ดดิบตากแห้งนำมาบดเป็นผลโดยไม่ได้ผ่านการต้มหรือใช้สารละลายที่เหมาะสมสกัดมาก่อน เพราะเห็ดดิบให้ประโยชน์ได้ไม่มากนัก สำหรับวิธีใช้โดยทั่วไป จะใช้ในปริมาณรวมวันละ 150-900 มิลลิกรัม ในกรณีป่วยหนัก อาจใช้เพิ่มขึ้นอีกหลายเท่าตัว การให้ยาแบ่งเป็นวันละ 1-3 เวลา ก่อนอาหาร หลังอาหาร หรือ ก่อนนอน การให้ในขณะท้องว่าง ลำไส้จะดูดซึมสารสกัดเห็ดได้ดีที่สุด

8) เห็ดหลินจือที่เป็นรูปแบบอื่น ยังมีอีกหลายชนิด มีวิธีใช้ตามสลากกำกับของผลิตภัณฑ์นั้นๆ แต่ยังไม่มีข้อมูลทางการแพทย์ยืนยันสรรพคุณอย่างเด่นชัด ผู้บริโภคจึงควรพิจารณาให้ดีเสียก่อน

เมื่อเริ่มบริโภคเห็ดใหม่ๆ อาจมีอาการถ่ายท้องเล็กน้อยเพราะยังไม่เคยชิน แพทย์แผนโบราณอธิบายว่าเป็นเสมือนการขับพิษหรือสิ่งสกปรกที่ตกค้างอยู่ออกไปจากร่างกาย ซึ่งเป็นเรื่องที่ดี และอาจมีอาการคอแห้ง แต่มักจะเป็นอยู่ออกไปจากร่างกาย ซึ่งเป็นเรื่องที่ดี และอาจมีอาการคอแห้ง แต่มักจะเป็นอยู่สองสามวันก็หายไป ส่วนบางรายอาจมีผื่นคันบวมซึ่งอาจเป็นเพราะเห็ดไม่บริสุทธิ์ ให้แก้ไขด้วยการหยุดรับประทาน ดื่มน้ำสะอาดให้มาก และรับประทานยาแก้แพ้ เช่น คลอเฟนิรามีน ขนาดเม็ดละ 4 มิลลิกรัม ครั้งละ 1/2 – 1 เม็ด ให้ซ้ำได้ทุก 6 ชั่วโมง ส่วนเห็ดที่มีคุณภาพดี มักไม่มีอาการผิดปกติ ถ้าหากกังวลว่าจะรับยาไม่ได้ ควรเริ่มต้นในขนาดเจือจาง หรือวันละ 1 เม็ด/แค็ปซูล แล้วค่อยๆ เพิ่มความเข้มข้น หรือปริมาณขึ้นทีละน้อย สำหรับผลต่อร่างกาย ก็อาจจะรู้สึกดีขึ้นเร็วภายในสัปดาห์แรก หรืออาจยืดเวลาออกไป จึงต้องมีความอดทนแต่บางรายก็อาจไม่รู้สึกว่าจะมีอะไรเปลี่ยนแปลง ผู้ใช้จึงต้องประเมินผลด้วยตนเอง

สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (อย.) อนุญาตให้เห็ดหลินจือขึ้นทะเบียนเป็นอาหารชนิดหนึ่ง การจะใช้เป็นยารักษาโรคยังอยู่ในระหว่างการพิจารณา การค้าขายในลักษณะของยาและการเผยแพร่สิ่งพิมพ์หรือสื่อใดๆ ที่เป็นการโฆษณา หรือระบุถึงสรรพคุณในการบำรุงร่างกายหรือการรักษาโรคจะต้องได้รับการอนุมัติจากสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยาเสียก่อนอย่างไรก็ตามผู้สนใจจะใช้เห็ดหลินจือเพื่อแก้ปัญหาความเจ็บป่วยหรือการส่งเสริมสุขภาพก็สามารถกระทำได้ แต่ก็ควรจะศึกษารายละเอียดของสรรพคุณให้ดีว่าเหมาะสมกับร่างกายของตนเองหรือไม่ ได้รับการตรวจวินิจฉัยโรคอย่างละเอียดถูกต้องแล้วหรือยัง หากมีข้อสงสัยก็ควรปรึกษาแพทย์ เภสัชกร หรือผู้เชี่ยวชาญได้ ไม่ควรคิดว่าเห็ดหลินจือเป็นยาเทวดา ที่จะบำบัดรักษาได้ทุกโรคหรือต้องทำให้ร่างกายแข็งแรงมีกำลังวังชาขึ้นได้อย่างทันตาเห็นเสมอไป อย่างไรก็ตามเห็ดหลินจือก็มีข้อดีที่ไม่มีพิษไม่มีภัย ไม่มีภาวะแทรกซ้อนที่เป็นอันตรายและสามารถใช้ร่วมกับการรักษาอย่างอื่นได้ โดยเฉพาะถ้าได้มีโอกาสใช้ร่วมกับการรักษาแผนปัจจุบันก็จะเป็นการสนับสนุนการแพทย์ชนิดผสมผสานที่สามารถใช้สิ่งต่างๆ ที่มีอยู่ให้เป็นประโยชน์ได้อย่างเต็มที่นั่นเอง